Nel 1852 Edgardo Mortara, figlio di una famiglia ebrea, viene battezzato da una domestica; per questo papa Pio IX lo fa togliere ai genitori per crescerlo nella religione cattolica. Da qui si dipana il film di Bellocchio, che via via si concentra su una sequenza di riti (religiosi e non), vissuti come rituali nevrotici per tenere a bada un’angoscia che attanaglia tutti i protagonisti.